Os médicos trabalharam em conjunto com os agentes das SS no extermínio promovido pelo estado nazista, atuando como soldados biológicos. Na época estavam muito em evidência as teses sobre eugenia, ciência que estuda as condições mais propícias ao "melhoramento" da raça humana. Foi em nome dela que os médicos nazistas cometeram várias atrocidades. Para os nazistas não eram os problemas sociais como as carências econômicas e sociais que causavam a marginalidade dos não-arianos. Ao contrário, a congênita "inferioridade racial" desses indivíduos é que criava tais problemas. Dessa maneira, definiam as execuções como sendo de caráter humanitário, misericordioso, para aqueles "condenados pela seleção natural". Como para a medicina nazista a boa saúde era característica da superioridade racial ariana, ela deveria ser mantida a qualquer custo. Por essa razão, de 1933 até o início da guerra os alemães considerados "doentes incuráveis" foram submetidos à esterilização para que o "mal" que carregavam não fosse proliferado. Entre os "doentes incuráveis" que foram esterilizados estavam, conforme relato de Robert Lifton no livro The Nazi Doctors, "60 mil epilépticos, 4 mil cegos hereditários, 16 mil surdos hereditários, 20 mil pessoas com má formação no corpo, 10 mil com alcoolismo hereditário, 200 mil doentes mentais, 80 mil esquizofrênicos e 20 mil maníacos-depressivos". Lifton cita em seu livro o caso do médico Eduard Wirths, de Auschwitz, que inoculava o bacilo do tifo em judeus sãos, sob a justificativa de que estes, naturalmente condenados a morrer, poderiam servir de cobaias para testes de vacinas. Muitos morreram em "experiências médicas" que incluíam exposição a alta pressão e congelamento. Para reforçar o caráter médico das execuções, muitas vezes uma ambulância pintada com as cores da Cruz Vermelha acompanhava os assassinatos. Muitos médicos se destacaram pela crueldade de seus métodos, entre eles Josef Mengele, de Auschwitz, que fazia experimentos genéticos especialmente em gêmeos. Segundo o professor Robert Proctor, autor de A Higiene Racial - A Medicina na Época dos Nazistas, editado pela Harvard University Press, em Cambridge, Massachussets, "o nazismo nada mais é do que a aplicação dos conhecimentos biológicos". Para ele, tanto a teoria quanto a prática da doutrina nazista tiveram como ponto central a aplicação de uma política biológica.

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